R语言 bitr函数报错：None of the keys entered are valid keys for 'ENSEMBL'

Question

尝试使用clusterProfiler包中的bitr函数进行基因注释，想将ENSEMBLID转为Symbol，但出现报错信息：

Error in .testForValidKeys(x, keys, keytype, fks) : 
  None of the keys entered are valid keys for 'ENTREZID'. Please use the keys method to see a listing of valid arguments.

原始数据信息如下，请大家解答。

Answer 1

不知道你这个问题是否已经解决, 如果还没有解决的话:

• 以下回答来自chatgpt:

  首先，我们需要确认数据是否有误。尝试使用其他方式将ENSEMBL ID转换为Symbol，例如使用biomaRt包或DAVID工具。如果数据没有问题，那么可能是clusterProfiler内置的数据库过期或者不支持所选的物种。此时，我们需要手动下载并更新相应物种的数据库。具体步骤如下： 1. 打开clusterProfiler包所在的文件夹。 2. 进入./clusterProfiler/libs/clusterProfiler/文件夹，找到enricher.R文件，并打开。 3. 在文件中找到以下代码段：

  if (!(db %in% c("GO", "KEGG", "Reactome"))) {
          if (!db %in% availableEnsDbs()) {
              stop(sQuote(db), " is not a valid choice for the 'db' argument.\n",
                   "The available choices for 'db' argument are: ", paste(availableEnsDbs(), collapse = ", "), "\n",
                   "Or\n",
                   "please refer to ?getGeneID to retrieve data from other databases.")
          }
      }
  

  1. 将availableEnsDbs()改为updateEnsDb()。
  2. 保存文件并退出。
  3. 打开R控制台，加载clusterProfiler包，并使用updateEnsDb()函数手动下载并更新相应物种的数据库。例如：

  library(clusterProfiler)
  updateEnsDb(species = "Homo sapiens")
  

  注意：此步骤可能需要一定时间来下载和更新数据库，具体时间取决于数据库的大小和下载速度。 7. 尝试重新运行bitr函数进行转换，检查是否仍然出现报错。如果问题仍然存在，请尝试使用其他方式进行基因注释或者寻求其他专家的帮助。

如果你已经解决了该问题, 非常希望你能够分享一下解决方案, 写成博客, 将相关链接放在评论区, 以帮助更多的人 ^-^